正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文大澄贤也遇到了突然出现的蓝光受发光体的影响导致遗传因子标准的变质变成了凶恶的怪兽THEONE之后他THEONE从防卫厅内的特殊机关BCST对生物工程学的研究机关的监视下逃走从此就没了音训 另一方面航空自卫队F15J飞行员真木舜一别所哲也为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职在最后一次飞行中真木与红色发光体在空中相遇这是theone事件后3个月发生的事情但是真木奇迹般地生还然后转职成为了民航机飞行员展开了新生活对这样的真木还是有机关非常关注尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗BCST将真木强制带走在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视此时行踪不明的怪兽THEONE像被某种东西吸引而回来了遭受THEONE攻击而濒死的真木身体发生了变化在红色光球的力量之下变身了变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态偶而还有自己意志的真木跟THEONE展开作战但是因为变身不完全能量快速消耗在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态然后沙罗将这个在THEONE之后出现的生命体定名为THENEXT 真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的THEONE重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被THEONE取代,已经成为不能变回为人的状态不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆并且为了跟儿子继梦的约定为了保护心爱的家族真木再次变身那个姿态更加进化成巨大化40m在间接部有像流血般的红色两肘的特征是出现肘刀现在以新宿副市中心为舞台ULTRAMAN与THEONE的决战之火开始燃烧了