游戏王怪兽之决斗改编自漫画游戏王于20002004年之间在东京电视台播出故事以漫画剧情为主但因为中途漫画故事情节进度跟不上故加插大量漫画没有的剧情和人物此举为脱离原作独立创作故事奠定下基础决斗者王国篇一卷神秘的录像带千年神器中千年眼的拥有者贝卡斯J克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战但武藤游戏却因为时间终止而败北武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战战斗城市前篇决斗者王国一战结束武藤游戏的知名度瞬间上升神秘的埃及石板来到日本展览牵扯出千年神器的秘密三千年前的战斗三张神之卡还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张:欧贝利斯克的巨神兵而他为了得到剩余的二张神之卡在童实野市举办了战斗城市大赛并且以赌牌当作规则同时新的次世代决斗盘也跟着亮相而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆也就是无名法老王的记忆必须搜集三张神之卡也参加了这场大赛各路好手为了搜集六张拼图卡得到最后的参赛权纷纷展开决斗；神秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参杂其中乃亚篇动画原创战斗飞行船行驶人工岛的途中飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统因而改变了航线阻挡在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么而又出现了神秘的人自称是五巨头他们还要武藤游戏等人的身体一场赌上各人性命的决斗而他们又发现五大老的头叫乃亚的小孩却是刚三郎海马的养父的儿子一场大战即将展开战斗城市后篇战斗城市最终决战开始每个决斗者都各自有战斗的理由城之内为了成为真正的决斗者救出被马利克进行黑暗游戏惩罚的孔雀舞海马为了与宿敌游戏决斗为了铲除可恶的古鲁斯首脑并得到太阳神为了完成海马乐园的梦想游戏为了实现与城之内的诺言与海马宿命的对决救出被暗马利克施予黑暗游戏惩罚的人们更为了自己遗失的记忆他向马利克宣战多玛篇动画原创战斗城市结束后武藤游戏遭受到了不知名力量的阻挡而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢走这个神秘的多玛组织抢走神之卡的目的究竟是什么神秘的卡片奥利哈刚的结界拥有的黑暗能量又会带给使用这张卡片的人什么样的改变；黑魔导女孩从精灵的世界降临向武藤游戏请求援助人类世界与精灵世界的命运会如何无名的传说之龙又会怎么样的帮助游戏等人海马集团大赛篇动画原创多玛事件结束后武藤游戏和同伴因没钱回不到日本无奈之下请求海马公司却阴差阳错的参加了海马集团为维护声誉的比赛全世界的决斗者聚集在这一场别开生面的比赛就此展开王之记忆篇为了寻找寄宿在千年积木中无名法老王灵魂的真实姓名与记忆武藤游戏与朋友们踏上了埃及之旅在记忆石板的背后解开了无名法老王的过去记忆暗貘良也趁此时蠢蠢欲动利用了千年智慧轮的黑暗力量在千年积木内进行了一场黑暗RPG这场黑暗RPG游戏中直接以无名法老王的记忆当作背景暗游戏必须从这场黑暗游戏中找回自己的真实姓名得知自己的过去并且打败大邪神佐克再一次封印否则大邪神佐克也会在现实世界中复活共有224集