東京奪還編開戦 謎の少年・スティグマ率いるアマラリルクとの戦いを経て少し成長したシャイ 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは忍者の里から家出中という少女・天王寺曖だった 彼女はアマラリルクの一員を追って里を出てきたとシャイに告げる そんな中東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー
